Membedakan huruf Arab Pegon dangan Arab asli sangat mudah. Penulisan Arab Pegon menggunakan semua aksara Arab Hijaiyah, dilengkapi dengan konsonan abjad Indonesia yang ditulis dengan aksara Arab yang telah dimodifikasi.
Modifikasi huruf Arab ini dikenal sebagai huruf jati Arab Melayu, berwujud aksara Arab serapan yang tak lazim. Misalnya untuk konsonan ‘p’, diambil huruf fa’ dengan tiga titik di atasnya dan sebagainya. Selain itu, huruf Arab Pegon meniadakan syakal (tanda baca) layaknya huruf Arab gundul.***